Готовый перевод THE HUMAN PROTEIN ATLAS: ASSAYS AND ANNOTATION / The Human Protein Atlas: Исследования и аннотация [!!!ТРЕБУЮТСЯ ПЕРЕВОДЧИКИ (СМ. ОПИСАНИЕ)!!!]: Immunohistochemistry - tissues

Тканевая иммуногистохимия.

Описание.

Белковый атлас содержит гистологические снимки образцов человеческих тканей.

Снимки отображают картину, получаемую с помощью микроскопа при наблюдении тканевых срезов на предметных стёклах.

Каждое антитело в базе данных было использовано для иммуногистохимического окрашивания как нормальной, так и опухолевой ткани.

Специфическое связывание антитела с соответствующим антигеном приводит к чёрно-коричневому окрашиванию.

Контрастирующее окрашивание тканевого среза гематоксилином проводится для визуализации микроскопических структур.

Окрашивание гематоксилином является неспецифическим, в результате чего и клетки, и внеклеточный матрикс приобретают голубую окраску.

Тканевые микрочипы дают возможность иммуногистохимически окрасить большое число различных тканей, как нормальных, так и опухолевых.

Полученные тканевые микрочипы включают образцы из 46 различных нормальных типов тканей из 138 индивидуумов и 20 различных типов опухолей из 216 пациентов.

Для каждого антитела на сайте помещены образцы иммуногистохимической окраски белка, проведенной на трех различных образцах нормальной ткани. Приведена аннотация уровня экспрессии белка в 66 различных нормальных типах клеток этих тканей.

Окраска опухолевых тканей представлена двумя образцами опухолей, а также приведена аннотация уровня экспресии белка в опухолевых клетках.

По технически причинам, как правило, для каждого представленного антитела, отсутствует незначительная часть из 570 образцов окраски.

Образцы, содержащие фрагменты нормальных и опухолевых тканей, были отобраны из анонимно собранных и залитых в парафин хиругических образцов, в соответствии с разрешением местного этического коммитета.

Т.к. образцы получены из хирургического материала, нормальные здесь определены как неопухолевые и морфологически нормальные.

Не всегда возможно получить полностью нормальные ткани, и, таким образом, некоторые из тканей, обозначенные как нормальные, могут включать изменения из-за воспаления, дегенерации и ремоделирования.

В исключительных случаях в отобранных образцах встречается гиперплазия тканей или доброкачественная пролиферация.

Также важно отметить, что при нормальной морфологии существуют межиндивидуальные различия из-за первичных болезней, возраста, пола и т.д..

Некоторые различия могут также влиять на белковую экспрессию и, следовательно, на иммуногистохимическое окрашивание образцов.

Опухолевые образцы также получены из хирургического материала.

Включение опухолей было основано на доступности и репрезентативности.

Из-за наличия подгрупп и гетерогенности опухолей внутри каждого типа рака, <...>

Гетерогенность опухолей и межиндивидуальные различия также обуславливает различную экспрессию белков, что приводит к различиям в иммуногистохимическом окрашивании образцов.

Аннотация.

Для того, чтобы обеспечить обзор образцов белковой экспрессии, все образы иммунохимически окрашенных тканей были вручную аннотированны сертифицированным патологом или с помощью специально обученного персонала (с последующей проверкой патологом).

Патологи имеют опыт в интерпретации тканевой морфологии под микроскопом и используют специальное ПО, чтобы просматривать и аннотировать гистологические образы.

Аннотация каждой из различных нормальных и опухолевых тканей была выполнена с использованием упрощённой схемы классификации иммуногистохимического выхода.

Каждая ткань была проверена на репрезентативность и иммунореактивность.

Были аннотированы различные тканеспецифичные типы клеток, включенные в каждый нормальный тип ткани.

Была аннотирована каждая опухоль, а также опухолевые клетки и строма.

Основные параметры аннотации включают оценку 1) интенсивности окраски (негативная, слабая, средняя или сильная), 2) доли окрашенных клеток (редкая, <25%, 25-75% или >75%) и 3) внитриклеточной локализации (ядерная и/или цитоплазматическая/мембранная).

Аннотация вручную также предоставляет обобщённый текстовый комментарий для каждого антитела.

Используемые терминология и онтология совместимы со стандартами, используемыми в патологии и медицине.

Для назначения топографии и морфологии была использована классификация SNOMED.

Классификация SNOMED также лежит в основе диагноза, которому соответствуют данные нормальные/опухолевые образцы.

Гистологический словарь, используемый в аннотации, доступен в виде PDF-документа, содержащего образы, которые иммуногистохимически окрашены антителами, включенными в Protein Atlas.

Словарь отображает подтипы клеток, отличающихся друг от друга, а также показывает образцы специфической экспрессии в различных внутриклеточных структурах.

Словарь аннотации: версия для прочтения с монитора (15 Мб), версия для печати (95 Мб).

Основанная на знаниях аннотация.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: идёт перевод

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/36478/130899

Переводчики: platon_work, iMiau