Готовый перевод THE HUMAN PROTEIN ATLAS: ASSAYS AND ANNOTATION / The Human Protein Atlas: Исследования и аннотация [!!!ТРЕБУЮТСЯ ПЕРЕВОДЧИКИ (СМ. ОПИСАНИЕ)!!!]: Immunofluorescence - cells

Описание.

В дополнение к иммуногистохимически окрашенным клеткам и тканям, The Protein Atlas демонстрирует многоцветные HD-изображения окрашенных клеток.

Это обеспечивает пространственную информацию об образцах белковой экспрессии на хорошем клеточном и внутриклеточном уровне.

Первоначально три клеточные линии, U-2 OS, A-431 и U-251 MG, взятые из различных человеческих тканей, были выбраны для включения в иммунофлюоресцентный анализ.

Начиная с 2012 года, набор клеточных линий был расширен путём включения других восьми различных клеточных линий: A-549, CACO-2, HEK 293, HeLa, Hep-G2, MCF-7, PC-3 и RT-4.

Для того, чтобы увеличить вероятность того, что экспрессируется большое число белков, клеточные линии были выбраны различного происхождения. Например, опухолевые клеточные линии из мезенхимальных, эпителиальных и глиальных опухолей.

Кроме того, селекция была основана на морфологических характеристиках, широкораспространённом использовании и множестве публикаций, где использовались эти клеточные линии.

Для каждого антитела две подходящие клеточные линии из набора клеточных линий сейчас выбраны для иммунофлуоресцентного анализа, основываясь на данных последовательности РНК.

Третяя клеточная линия, выбранная для каждого антитела - всегда U-2 OS, чтобы локализовать полный человеческий протеом на внутриклеточном уровне в одной клеточной линии.

Кроме HPA антител, клетки также окрашены референсными маркёрами для того, чтобы облегчить аннотирование внутриклеточного распределения белка, являющегося мишенью для HPA антитела.

Следующие зонды/органеллы использованы как [???]: 1) DAPI для ядер, 2) антитубулиновое антитело как внутренний контроль и маркёр микротрубочек, 3) кальретикулин для эндоплазматического ретикулюма.

Полученные конфокальные изображения являются однослойными, отображающими одну оптическую секцию клетки.

Настройки микроскопа оптимизированы для каждого образца.

Различные зонды органелл отображены как различные каналы в многцветных изображениях; окрашивание HPA антителом - зелёное, окрашивание ядра - синее, окрашивание микротрубочек - красное, окрашивание ЭР - жёлтое.

Аннотация.

Для того, чтобы обеспечить интерпретацию окрашенных образцов, все образы иммунофлюоресцентно окрашенных клеточных линий аннотированы вручную.

Для каждой клеточной линии и антитела были описаны интенсивность и внутриклеточная локализация окрашивания.

Интенсивность окрашивания классифицирована как негативная, слабая, средняя и сильная, основана на силе лазера и настройках детектора, используется для приобретения образа в сочетании с внешним видом изображения.

Внутриклеточная локализация в дальнейшем была объединена с параметрами описания характеристик окрашивания (такие как гладкость, гранулы, пятна, коллагеновые волокна, точки и кластеры).

Аннотированные внутриклеточные локализации и характеристики окрашивания продемонстрированы иллюстрированными примерами конфокальных образов из выбранных антител, включенных в Human Protein Atlas.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: идёт перевод

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/36478/131057

Переводчики: platon_work