THE HUMAN PROTEIN ATLAS: ASSAYS AND ANNOTATION / The Human Protein Atlas: Исследования и аннотация [!!!ТРЕБУЮТСЯ ПЕРЕВОДЧИКИ (СМ. ОПИСАНИЕ)!!!]: Immunofluorescence - cells

Описание.

platon_work 17.01.13 в 00:16

В дополнение к иммуногистохимически окрашенным клеткам и тканям, The Protein Atlas демонстрирует многоцветные HD-изображения окрашенных клеток.

platon_work 17.01.13 в 00:33

Это обеспечивает пространственную информацию об образцах белковой экспрессии на хорошем клеточном и внутриклеточном уровне.

platon_work 17.01.13 в 01:35

Первоначально три клеточные линии, U-2 OS, A-431 и U-251 MG, взятые из различных человеческих тканей, были выбраны для включения в иммунофлюоресцентный анализ.

platon_work 17.01.13 в 01:49

Начиная с 2012 года, набор клеточных линий был расширен путём включения других восьми различных клеточных линий: A-549, CACO-2, HEK 293, HeLa, Hep-G2, MCF-7, PC-3 и RT-4.

platon_work 17.01.13 в 01:54

Для того, чтобы увеличить вероятность того, что экспрессируется большое число белков, клеточные линии были выбраны различного происхождения. Например, опухолевые клеточные линии из мезенхимальных, эпителиальных и глиальных опухолей.

platon_work 17.01.13 в 02:13

Кроме того, селекция была основана на морфологических характеристиках, широкораспространённом использовании и множестве публикаций, где использовались эти клеточные линии.

platon_work 17.01.13 в 02:33

Для каждого антитела две подходящие клеточные линии из набора клеточных линий сейчас выбраны для иммунофлуоресцентного анализа, основываясь на данных последовательности РНК.

platon_work 17.01.13 в 02:45

Третяя клеточная линия, выбранная для каждого антитела - всегда U-2 OS, чтобы локализовать полный человеческий протеом на внутриклеточном уровне в одной клеточной линии.

platon_work 17.01.13 в 02:53

Кроме HPA антител, клетки также окрашены референсными маркёрами для того, чтобы облегчить аннотирование внутриклеточного распределения белка, являющегося мишенью для HPA антитела.

platon_work 17.01.13 в 03:18

Следующие зонды/органеллы использованы как [???]: 1) DAPI для ядер, 2) антитубулиновое антитело как внутренний контроль и маркёр микротрубочек, 3) кальретикулин для эндоплазматического ретикулюма.

platon_work 17.01.13 в 03:39

Полученные конфокальные изображения являются однослойными, отображающими одну оптическую секцию клетки.

platon_work 17.01.13 в 03:49

Настройки микроскопа оптимизированы для каждого образца.

platon_work 17.01.13 в 03:51

Различные зонды органелл отображены как различные каналы в многцветных изображениях; окрашивание HPA антителом - зелёное, окрашивание ядра - синее, окрашивание микротрубочек - красное, окрашивание ЭР - жёлтое.

platon_work 17.01.13 в 04:01

Аннотация.

platon_work 17.01.13 в 04:03

Для того, чтобы обеспечить интерпретацию окрашенных образцов, все образы иммунофлюоресцентно окрашенных клеточных линий аннотированы вручную.

platon_work 17.01.13 в 04:18

Для каждой клеточной линии и антитела были описаны интенсивность и внутриклеточная локализация окрашивания.

platon_work 17.01.13 в 04:24

Интенсивность окрашивания классифицирована как негативная, слабая, средняя и сильная, основана на силе лазера и настройках детектора, используется для приобретения образа в сочетании с внешним видом изображения.

platon_work 17.01.13 в 16:38

Внутриклеточная локализация в дальнейшем была объединена с параметрами описания характеристик окрашивания (такие как гладкость, гранулы, пятна, коллагеновые волокна, точки и кластеры).

platon_work 17.01.13 в 17:56

Аннотированные внутриклеточные локализации и характеристики окрашивания продемонстрированы иллюстрированными примерами конфокальных образов из выбранных антител, включенных в Human Protein Atlas.

platon_work 17.01.13 в 18:00