Готовый перевод ProtRepeatsDB: a database of amino acid repeats in genomes (Abstract+Background) / ProtRepeatsDB: база данных аминокислотных повторов в геномах (только общие сведения): Abstract

История вопроса: Полногеномные и межвидовые сравнения аминокислотных повторов - интригующая проблема в биологии главным образом из-за высокополиморфной природы и разнообразных функций этих повторов.

Повторы в характерной для вида структуре белка составляют жизненно важные функциональные и структурные регионы.

Повторы являются существенным следствием эволюции белков, что видно из анализов повторов в различных организмах.

В постгеномную эру доступность сиквенсов белков, закодированных в различных геномах, предоставляет уникальную возможность произвести крупномасштабные сравнительные исследования аминокислотных повторов.

ProtRepeatsDB (http://bioinfo.icgeb.res.in/repeats/) - это реляционная база данных точных и неточных повторов, доступ к которой выполнен как средство и набор инструментов для выявления и межвидового сравнения различных типов аминокислотных повторов.

~

Описание: ProtRepeatsDB (v1.2) включает точные и неточные аминокислотные повторы в белковых сиквенсах 141 организма, геномы которых доступны на данный момент.

Веб-интерфейс ProtRepeatsDB состоит из различных инструментов, позволяющих представить повторы, основываясь на ID белка, имени организма, повторяющейся последовательности и ключевых словах в заголовках FASTA-файлов, размере, частоте, ID аннотаций gene ontology (GO) и регулярных выражениях (REGEXP) описания повторов.

Эти инструменты также позволяют формулировать множество простых, сложных и логических запросов, чтобы упростить mining и крупномасштабные межвидовые сравнения аминокислотных повторов.

Кроме того, база данных также содержит инструменты анализа сиквенсов, чтобы выявлять повторы во введённых пользователем сиквенсах.

~

Заключение: ProtRepeatsDB - база данных различных типов представленных в белках аминокислотных повторов, где собраны данные для многих организмов.

Она интегрирует полезные инструменты для выполнения запросов по всему геному для быстрого скрининга и идентификации аминокислотных повторов и облегчает сравнительные и эволюционные исследования повторов.

База данных полезна для идентификации видо- или организмо-специфичных повторных маркеров, межвидовых вариаций и полиморфизммов.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: перевод редактируется

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/39129/143687

Переводчики: platon_work