Готовый перевод Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Introduction

~~

Введение

~~

Локусы количественных признаков (QTLs) на моделях животных и исследования ассоциаций человеческих локусов, генетически сцепленных с предрасположенностями (к определённым заболеваниям), выявляют регионы генома, которые статистически связаны с болезнью.

Далее анализы на микрочипах указывают в пределах QTLs на гены-кандидаты, исходя из их профиля экспрессии, а именно их распределения в тканях и/или дифференциальной экспрессии между группой больных и контрольной группой.

~

Помимо факторов окружающей среды или эпигенетических эффектов, специфические однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs) могут в особенности быть ответственными за возникновение заболевания (по схеме Менделевского наследования) или за повышение подверженности заболеванию (полигенные факторы).

Гены, в которых находятся SNPs, неравномерно распределённые между контрольной и патологической группами, можно называть "гены-кандидаты".

Следовательно, ассоциированные гены могут быть объектом дальнейших исследований, ведущих к пониманию патогенеза определённых заболеваний, и, в конечном счёте, их лечения.

~

Исследование распределения SNPs в пределах человеческой популяции или между человеческими популяциями является трудоёмким и дорогостоящим в основном по причине того, что необходимо работать с большим числом индивидов и SNPs.

Поэтому установление приоритетов в выборе SNPs на основе дополнительных экспериментальных или эпидемиологических данных необходимо для ускорения разработки новых лекарств.

Сам по себе SNP может не являться причиной подверженности заболеванию, но он может локализоваться в регионе неравновесия по сцеплению, ассоциированном с заболеванием.

Следовательно, неоднородное распределение данного SNP в субпопуляциях может отражать аналогичное распределение соседних неохарактеризованных SNPs.

Проект HapMap, например, для обширных выборок решает проблему генотипирования индивидуумов, представляющих различные популяции.

Данные по популяционным частотам и гаплотипам доступны в базе данных dbSNP от NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/).

Публичные базы SNP, такие как dbSNP и HGVbase (Human Genome Variation base), быстро пополняются.

Помимо HapMap, информацию о распределении аллелей в различных популяциях, которая основана либо на принадлежности к расе, либо на географической локализации, вносят также проекты UW-FHCRC Variation Discovery Resource (SeattleSNPs) (http://pga.gs.washington.edu) и The SNP Consortium (TSC).

~

Всякий раз, когда болезнь по-разному протекает у представителей различных полов и/или популяций, для полигенных заболеваний подобная информация о частоте SNP в популяции может быть использована в качестве дополнительного критерия выбора, чтобы подобрать SNPs и гены, которые должны быть экспериментально проверены.

Среди прочих, это было предложено для ревматоидного артрита, инфекционных болезней, посттравматических стрессовых реакций и болезни Альцгеймера.

Здесь мы изложим на примере рассеянного склероза (MS) принципы, проведённые в соответствии с которыми эпидемиологические исследования показали, что азиаты и (с противоречивыми данными) африканцы намного менее подвержены рассеянному склерозу, чем европеоиды.

~

Анализ сцепления генов человека выявил многочисленные локусы, статистически связанные с подверженностью рассеянному склерозу.

Представленная здесь программа (SNPselect, http://qtl.pzr.uni-rostock.de/snpselect.php) для подбора SNP на основе баз данных Ensembl в конечном счёте отбирает среди этих локусов те SNPs, для которых была определена частота распределения по субпопуляциям.

Полученные отношения между частотами в различных популяциях предложены в качестве критерия для автоматического подбора, что является улучшением относительно функционала ранее созданных программ подбора SNPs по частотам в популяциях, таких как поисковик Ensembl-mart (Nguyen et al., 2004) или SNP3D (Peng You et al.).

Даже поисковые программы проектов TSC и HapMap пока не предоставляют такого сервиса.

~

Программа применяется для хромосомных локусов, которые, согласно анализам сцепления генов, ассоциированны с рассеянным склерозом.

Составлен список SNPs, находящихся в этих регионах, характеризующихся максимально различными частотами между популяциями европеоидов (Европа и Северная Америка), азиатов или африканцев.

Результаты, полученные после применения данной программы на кластере генов пептидиларгининдеиминазы и гена CD24, сравнили с литературными данными.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: перевод редактируется

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/46839/189005

Переводчики: platon_work