Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Introduction

Оглавление

Сбросить всё

Английский оригинал	Перевод на русский
Сожалеем, но текст оригинала доступен только зарегистрированным пользователям.	~~ platon_work 30.12.13 в 15:25 0
	Введение platon_work 30.12.13 в 15:26 0
	~~ platon_work 30.12.13 в 15:26 0
	Локусы количественных признаков (QTLs) на моделях животных и исследования ассоциаций человеческих локусов, генетически сцепленных с предрасположенностями (к определённым заболеваниям), выявляют регионы генома, которые статистически связаны с болезнью. platon_work 30.12.13 в 15:25 0	+1
	Далее анализы на микрочипах указывают в пределах QTLs на гены-кандидаты, исходя из их профиля экспрессии, а именно их распределения в тканях и/или дифференциальной экспрессии между группой больных и контрольной группой. platon_work 30.12.13 в 18:21 0
	~ platon_work 30.12.13 в 15:25 0
	Помимо факторов окружающей среды или эпигенетических эффектов, специфические однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs) могут в особенности быть ответственными за возникновение заболевания (по схеме Менделевского наследования) или за повышение подверженности заболеванию (полигенные факторы). platon_work 10.01.14 в 23:54 0
	Гены, в которых находятся SNPs, неравномерно распределённые между контрольной и патологической группами, можно называть "гены-кандидаты". platon_work 11.01.14 в 00:20 0
	Следовательно, ассоциированные гены могут быть объектом дальнейших исследований, ведущих к пониманию патогенеза определённых заболеваний, и, в конечном счёте, их лечения. platon_work 11.01.14 в 19:05 0
	~ platon_work 11.01.14 в 19:34 0
	Исследование распределения SNPs в пределах человеческой популяции или между человеческими популяциями является трудоёмким и дорогостоящим в основном по причине того, что необходимо работать с большим числом индивидов и SNPs. platon_work 11.01.14 в 19:56 0
	Поэтому установление приоритетов в выборе SNPs на основе дополнительных экспериментальных или эпидемиологических данных необходимо для ускорения разработки новых лекарств. platon_work 11.01.14 в 20:22 0
	Сам по себе SNP может не являться причиной подверженности заболеванию, но он может локализоваться в регионе неравновесия по сцеплению, ассоциированном с заболеванием. platon_work 11.01.14 в 21:19 0
	Следовательно, неоднородное распределение данного SNP в субпопуляциях может отражать аналогичное распределение соседних неохарактеризованных SNPs. platon_work 11.01.14 в 23:25 0
	Проект HapMap, например, для обширных выборок решает проблему генотипирования индивидуумов, представляющих различные популяции. platon_work 12.01.14 в 01:05 0
	Данные по популяционным частотам и гаплотипам доступны в базе данных dbSNP от NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/). platon_work 12.01.14 в 01:08 0
	Публичные базы SNP, такие как dbSNP и HGVbase (Human Genome Variation base), быстро пополняются. platon_work 12.01.14 в 01:11 0
	Помимо HapMap, информацию о распределении аллелей в различных популяциях, которая основана либо на принадлежности к расе, либо на географической локализации, вносят также проекты UW-FHCRC Variation Discovery Resource (SeattleSNPs) (http://pga.gs.washington.edu) и The SNP Consortium (TSC). platon_work 12.01.14 в 16:55 0
	~ platon_work 12.01.14 в 16:58 0
	Всякий раз, когда болезнь по-разному протекает у представителей различных полов и/или популяций, для полигенных заболеваний подобная информация о частоте SNP в популяции может быть использована в качестве дополнительного критерия выбора, чтобы подобрать SNPs и гены, которые должны быть экспериментально проверены. platon_work 12.01.14 в 18:55 0
	Среди прочих, это было предложено для ревматоидного артрита, инфекционных болезней, посттравматических стрессовых реакций и болезни Альцгеймера. platon_work 12.01.14 в 19:30 0
	Здесь мы изложим на примере рассеянного склероза (MS) принципы, проведённые в соответствии с которыми эпидемиологические исследования показали, что азиаты и (с противоречивыми данными) африканцы намного менее подвержены рассеянному склерозу, чем европеоиды. platon_work 12.01.14 в 20:47 0
	~ platon_work 12.01.14 в 20:47 0
	Анализ сцепления генов человека выявил многочисленные локусы, статистически связанные с подверженностью рассеянному склерозу. platon_work 12.01.14 в 22:40 0
	Представленная здесь программа (SNPselect, http://qtl.pzr.uni-rostock.de/snpselect.php) для подбора SNP на основе баз данных Ensembl в конечном счёте отбирает среди этих локусов те SNPs, для которых была определена частота распределения по субпопуляциям. platon_work 13.01.14 в 21:06 0
	Полученные отношения между частотами в различных популяциях предложены в качестве критерия для автоматического подбора, что является улучшением относительно функционала ранее созданных программ подбора SNPs по частотам в популяциях, таких как поисковик Ensembl-mart (Nguyen et al., 2004) или SNP3D (Peng You et al.). platon_work 13.01.14 в 21:39 0	+1
	Даже поисковые программы проектов TSC и HapMap пока не предоставляют такого сервиса. platon_work 13.01.14 в 21:59 0
	~ platon_work 13.01.14 в 21:59 0
	Программа применяется для хромосомных локусов, которые, согласно анализам сцепления генов, ассоциированны с рассеянным склерозом. platon_work 14.01.14 в 01:56 0
	Составлен список SNPs, находящихся в этих регионах, характеризующихся максимально различными частотами между популяциями европеоидов (Европа и Северная Америка), азиатов или африканцев. platon_work 14.01.14 в 02:12 0
	Результаты, полученные после применения данной программы на кластере генов пептидиларгининдеиминазы и гена CD24, сравнили с литературными данными. platon_work 14.01.14 в 02:40 0