Готовый перевод Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Methods

~~

Методы

~~

Локусы подверженности рассеянному склерозу человека

~

И локусы подверженности рассеянному склерозу человека, и гены, ассоциированные с рассеянным склерозом, были собраны из базы данных LocusLink и из результатов широкомасштабных исследований рассеянного склероза.

В таблицах 1 и 2 показан список генов и маркеров, полученных в результате этих исследований и проанализированных с помощью программы SNPselect.

Границы подверженных областей генома человека были определены с помощью маркеров на фланках, описанных в оригинальной публикации или расположенных в 0.5 мегабазах с обеих сторон от ассоциированного с болезнью маркера, где фланкирующие маркеры были недоступны.

Для локусов, взятых из внутригенных полиморфизмов, соответствие генов и SNPs обнаруживалось с помощью Ensembl.

~

Таблица 1: локусы предрасположенности к рассеянному склерозу: гены.

В первом столбце перечислены хромосомы, во втором - гены, использованные как маркеры, для которых была найдена ассоциация с рассеянным склерозом.

Эти названия генов и внешние идентификаторы были использованы для подбора SNPs в Ensembl.

~

Таблица 2: локусы предрасположенности к рассеянному склерозу - маркеры.

Было найдено, что эти маркеры ассоциированы с рассеянным склерозом, далее они были использованы для подбора SNPs из Ensembl.

Для подбора использовался отрезок по 500 килобаз в каждую сторону от маркера.

~

Базы данных SNP

~

SNPs, принадлежащие базам данных dbSNP и HGVbase, извлекаются из базы данных Ensembl 19-й версии.

Они аннотированы вместе с их хромосомными локациями и привязаны к генам, представленным в Ensembl, например, можно выбрать SNPs, кодирующие по меньшей мере один несинонимичный транскрипт.

База данных TSC была локально инсталлирована для того, чтобы любая запись dbSNP с ассоциированным TSC-идентификатором была связана с более детальным представлением популяционных частот, которое включает зависимость от пола для записей с известными данными по генотипированию.

~

Подбор SNP

~

Собраны все SNPs, для которых было определено несоответствие между частотами, с одной стороны, среди американцев и европейцев (как наиболее подверженных рассеянному склерозу популяций) и, с другой стороны, азиатов и африканцев (менее подверженных популяций).

Для некоторых SNPs с особо выраженной гетерогенностью выделена дополнительная популяция - мультинациональная.

В рамках анализов локусы, выбранные по полиморфизмам генов, рассматриваются отдельно от тех локусов, которые выбраны по генетическим маркерам.

SNPs с максимальными отношениями частот были выбраны для дальнейших анализов.

Подобранные SNPs можно для дополнительной сверки интегрировать с ещё одним источником SNPs и их частот - SNP genotyping selector, разрабатываемым Applied Biosystems (http://myscience.appliedbiosystems.com).

Он основан на тех же клеточных культурах, что и TSC, и предлагает данные для частот SNPs для рас и протоколы для предложенных TaqMan-основанных анализов.

~

Веб-интерфейс

~

Было разработано приложение SNPselect для подбора SNPs по значениям частот и отношению этих частот между популяциями.

Приложение посылает запросы к базе данных Ensembl mart, чтобы получить хромосомную локацию и геномную аннотацию из Ensembl для того, чтобы найти позицию SNP в генах.

Веб-интерфейс напрямую отображает схему таблиц SNP из Ensembl mart.

Последовательность выполняемых действий представлена на рисунке 1.

~

Рисунок 1: последовательность действий при использовании алгоритма поиска SNP.

Поисковые ограничения настраиваются пользователем через веб-интерфейс (SSI).

Алгоритм, учитывая ограничения, посылает запросы к взаимосвязанным базам данных, и вычисляет соответствующие отношения частот SNPs.

Результаты объединяются и выводятся.

~

Для вычисления отношений частот проверяется, что сравниваются частоты для одинаковых аллелей.

Иначе, в случае, когда минорный аллель для одной популяции является мажорным аллелем для другой, и, если соответсвующие минорные частоты были использованы для определения отношения частот, то отношения могут быть вычислены ошибочно.

На графиках отображаются максимум отношения и его обратное значение, а 1 соответствует минимальному отношению (равные частоты).

Следовательно, нет различий между предполагаемыми подверженными и протективными аллелями.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: перевод редактируется

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/46839/189006

Переводчики: platon_work