Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Methods

~~

platon_work 14.01.14 в 16:38

Методы

platon_work 14.01.14 в 16:38

~~

platon_work 14.01.14 в 16:38

Локусы подверженности рассеянному склерозу человека

platon_work 14.01.14 в 16:39

~

platon_work 14.01.14 в 16:40

И локусы подверженности рассеянному склерозу человека, и гены, ассоциированные с рассеянным склерозом, были собраны из базы данных LocusLink и из результатов широкомасштабных исследований рассеянного склероза.

platon_work 14.01.14 в 18:43

В таблицах 1 и 2 показан список генов и маркеров, полученных в результате этих исследований и проанализированных с помощью программы SNPselect.

platon_work 14.01.14 в 18:56

Границы подверженных областей генома человека были определены с помощью маркеров на фланках, описанных в оригинальной публикации или расположенных в 0.5 мегабазах с обеих сторон от ассоциированного с болезнью маркера, где фланкирующие маркеры были недоступны.

platon_work 14.01.14 в 21:30

Для локусов, взятых из внутригенных полиморфизмов, соответствие генов и SNPs обнаруживалось с помощью Ensembl.

platon_work 14.01.14 в 21:39

~

platon_work 14.01.14 в 21:41

Таблица 1: локусы предрасположенности к рассеянному склерозу: гены.

platon_work 15.01.14 в 23:07

В первом столбце перечислены хромосомы, во втором - гены, использованные как маркеры, для которых была найдена ассоциация с рассеянным склерозом.

platon_work 15.01.14 в 23:50

Эти названия генов и внешние идентификаторы были использованы для подбора SNPs в Ensembl.

platon_work 15.01.14 в 23:59

~

platon_work 16.01.14 в 00:00

Таблица 2: локусы предрасположенности к рассеянному склерозу - маркеры.

platon_work 16.01.14 в 01:35

Было найдено, что эти маркеры ассоциированы с рассеянным склерозом, далее они были использованы для подбора SNPs из Ensembl.

platon_work 16.01.14 в 01:47

Для подбора использовался отрезок по 500 килобаз в каждую сторону от маркера.

platon_work 16.01.14 в 01:56

~

platon_work 16.01.14 в 01:56

Базы данных SNP

platon_work 16.01.14 в 01:57

~

platon_work 16.01.14 в 01:56

SNPs, принадлежащие базам данных dbSNP и HGVbase, извлекаются из базы данных Ensembl 19-й версии.

platon_work 17.01.14 в 00:58

Они аннотированы вместе с их хромосомными локациями и привязаны к генам, представленным в Ensembl, например, можно выбрать SNPs, кодирующие по меньшей мере один несинонимичный транскрипт.

platon_work 17.01.14 в 03:28

База данных TSC была локально инсталлирована для того, чтобы любая запись dbSNP с ассоциированным TSC-идентификатором была связана с более детальным представлением популяционных частот, которое включает зависимость от пола для записей с известными данными по генотипированию.

platon_work 17.01.14 в 04:09

~

platon_work 17.01.14 в 04:09

Подбор SNP

platon_work 17.01.14 в 04:09

~

platon_work 17.01.14 в 04:09

Собраны все SNPs, для которых было определено несоответствие между частотами, с одной стороны, среди американцев и европейцев (как наиболее подверженных рассеянному склерозу популяций) и, с другой стороны, азиатов и африканцев (менее подверженных популяций).

platon_work 18.01.14 в 00:56

Для некоторых SNPs с особо выраженной гетерогенностью выделена дополнительная популяция - мультинациональная.

platon_work 18.01.14 в 02:01

В рамках анализов локусы, выбранные по полиморфизмам генов, рассматриваются отдельно от тех локусов, которые выбраны по генетическим маркерам.

platon_work 18.01.14 в 02:31

SNPs с максимальными отношениями частот были выбраны для дальнейших анализов.

platon_work 18.01.14 в 02:34

Подобранные SNPs можно для дополнительной сверки интегрировать с ещё одним источником SNPs и их частот - SNP genotyping selector, разрабатываемым Applied Biosystems (http://myscience.appliedbiosystems.com).

platon_work 18.01.14 в 19:51

Он основан на тех же клеточных культурах, что и TSC, и предлагает данные для частот SNPs для рас и протоколы для предложенных TaqMan-основанных анализов.

platon_work 18.01.14 в 21:03

~

platon_work 18.01.14 в 21:03

Веб-интерфейс

platon_work 18.01.14 в 21:03

~

platon_work 18.01.14 в 21:03

Было разработано приложение SNPselect для подбора SNPs по значениям частот и отношению этих частот между популяциями.

platon_work 18.01.14 в 22:58

Приложение посылает запросы к базе данных Ensembl mart, чтобы получить хромосомную локацию и геномную аннотацию из Ensembl для того, чтобы найти позицию SNP в генах.

platon_work 19.01.14 в 01:21

Веб-интерфейс напрямую отображает схему таблиц SNP из Ensembl mart.

platon_work 19.01.14 в 01:41

Последовательность выполняемых действий представлена на рисунке 1.

platon_work 19.01.14 в 02:00

~

platon_work 19.01.14 в 02:01

Рисунок 1: последовательность действий при использовании алгоритма поиска SNP.

platon_work 19.01.14 в 02:11

Поисковые ограничения настраиваются пользователем через веб-интерфейс (SSI).

platon_work 19.01.14 в 02:23

Алгоритм, учитывая ограничения, посылает запросы к взаимосвязанным базам данных, и вычисляет соответствующие отношения частот SNPs.

platon_work 19.01.14 в 02:29

Результаты объединяются и выводятся.

platon_work 19.01.14 в 02:34

~

platon_work 19.01.14 в 02:35

Для вычисления отношений частот проверяется, что сравниваются частоты для одинаковых аллелей.

platon_work 19.01.14 в 03:16

Иначе, в случае, когда минорный аллель для одной популяции является мажорным аллелем для другой, и, если соответсвующие минорные частоты были использованы для определения отношения частот, то отношения могут быть вычислены ошибочно.

platon_work 19.01.14 в 03:42

На графиках отображаются максимум отношения и его обратное значение, а 1 соответствует минимальному отношению (равные частоты).

platon_work 19.01.14 в 03:57

Следовательно, нет различий между предполагаемыми подверженными и протективными аллелями.

platon_work 19.01.14 в 04:16