Готовый перевод Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Results

~~

Результаты

~~

SNPs, полученные из локусов подверженности рассеянному склерозу.

~

Вычислены отношения частот SNP между подверженными и менее подверженными популяциями.

В многонациональной популяции, где гетерогенность, присвоенная группе менее восприимчивых популяций, максимальна, были найдены 474 SNPs в локусах, ассоциированных с теми генами, чьи известные полиморфизмы использовались в качестве генетических маркеров в исследованиях ассоциаций рассеянного склероза.

Из них 234 (49.4%) имеют максимальное отношение (или обратный максимум отношения) большее, чем 2.

Распределение показано на рисунке 2a.

Если не учитывать данные по многонациональной популяции, то число снижается до 122 из 261 (46.7%).

Для локусов, основанных на генетических маркерах, могут быть выбраны 121 из 319 SNPs (37.9%) (рисунок 2b), а когда игнорируются смешанные нации, то 80 из 211 (37.9%).

~

Рисунок 2: Распределение отношений частот между европейской или американской и африканской или азиатской популяциями, полученное из генов (A) и генетических маркеров (B).

На оси X находится максимум отношения или обратная величина отношения частот минорного аллеля для каких-либо двух популяций для данного SNP, на оси Y - относительное число случаев в пределах локуса поражаемости рассеянного склероза.

Требованию, что отношение равно 2 или более, отвечает половина предполагаемых поражаемых или протективных аллелей.

~

Общая длина референсной сборки от Ensembl 19-ой версии (сборка версии 34 от NCBI) равна 2841 Мбаз; были предсказаны 23531 генов Ensembl со средней дистанцией в 121 кбаз между генами.

Следовательно, исследованная область вокруг генетических маркеров более чем в 4 раза больше, чем вокруг полиморфных генов, хотя основанные на генетических маркерах регионы содержат только 2/3 SNPs, которые можно отобрать по генам предрасположенности.

Это косвенно объясняет различие в эффекте отношения как критерия подбора.

Чем больше популяций, изучаемых по одному маркеру, тем выше шанс найти субпопуляцию с отличающейся частотой.

Эффект от подбора по отношению частот гораздо сильнее для основанных на генетических маркерах кандидатных SNPs, нежели для кандитатных SNPs, полученных из полиморфных генов (рисунки 2a и b).

Напротив, в результате включения многонациональных субпопуляций, влияния на какое-либо распределение не наблюдалось.

Для представленных здесь локусов подверженности рассеянному склерозу только один кандидатный SNP (rs758767) был выбран как на основании маркера, так и на основании выборки генов предрасположенности, как показано в таблицах 3 и 4.

~

Таблица 3:

SNPs с двухкратной разницей в частотах, полученные исходя из маркеров.

~

Таблица 4:

SNPs с двухкратной разницей в частотах, полученные исходя из генов.

~

Гены из Ensembl с SNPs

~

Всем 319 основанным на генетических маркерах SNPs был сопоставлен хотя бы один ген, 85 SNPs были сопоставлены 2 или более генов.

Ни один SNP не был сопоставлен с более, чем 4 генами.

Следует напомнить, что одиночный SNP может оказаться как левее одного гена, так и правее другого.

241 ген был связан с этими SNPs, давая отношение, равное 1.32 SNPs на ген.

Наоборот, всего 146 генов позволяют выделить в качестве кандидатных 474 полученных из генов SNPs, для которых присвоение HUGO gene ID из Таблицы 1 было предварительным условием селекции.

Однако, доступно гораздо больше хорошо описанных SNPs (3.25). На рисунке 3 показано распределение SNPs на ген, выделенных по ассоциации как с маркерами (3a), так и с генами (3b).

~

Рисунок 3: Распределение SNPs на ген (для генов, выделенных по ассоциации с генетическими маркерами и с генами).

Распределение в популяции гораздо лучше описано для SNPs, выделенных по ассоциациям с генами (A), чем для SNPs, выделенных по ассоциациям с генетическими маркерами.

~

Проверка

~

Чтобы поддержать метод выделения как кандидатных SNPs с различными частотами в различных популяциях, мы рассмотрели последнюю публикацию по ассоциации SNP с рассеянным склерозом.

Для гена CD24 из 32 относящихся к нему SNP из базы dbSNP есть только один SNP (rs8734), выделяющийся отношением частот.

К тому же, это - единственный SNP, изменяющий аминокислотную последовательность пептида.

Это, действительно, тот самый случай, когда мажорный аллель азиатской популяции является минорным аллелем многонациональной популяции.

Отношение частот увеличивается от 1.21 для частот минорных аллелей до 1.79 (Т) и 1.89 (С), когда сравниваются непосредственно частоты нуклеотидов.

Нет доступных сведений о различиях для полов любого из 5-ти SNPs в CD24 с идентификаторами TSC, однако, CD24 локализован на Y хромосоме.

~

Рисунок 4: выходные данные программы SNPselect.

В столбце "ratio" отображается отношение частот минорных аллелей многонациональной и восточно-азиатской популяций.

В столбце "corrected ratio" принято во внимание то, что минорный аллель в азиатской популяции является мажорным аллелем в мультинациональной.

~

Ген пептидиларгининдеиминазы 4-го типа (PADI4) рассмотрен в контексте и ревматоидного артрита (RA), и рассеянного склероза.

У пациентов, страдающих ревматоидным артритом имеются антитела к белкам PAD, но неизвестно, какой из типов гена PADI (от I до IV) ассоциирован с болезнью.

Более глубокое понимание было достигнуто в результате анализа неравновесия по сцеплению для исследования типа случай-контроль.

Максимальное неравновесие по сцеплению было определено на третьем экзоне PADI4.

Поиск SNPs с помощью программы определения частот SNPselect для североамериканской или европейской или ещё нескольких популяций для генов PADI 1-4 выдал 6 SNPs, ни один из которых не являлся SNP из PADI1.

Для SNP rs1635565 были в самом деле достигнуты максимальные отношения: 3.04 между североамериканской и восточноазиатской популяциями (для другой азиатской популяции было достигнуто отношение, равное 2).

У PADI2 обнаружили SNP с отношением, равным 2 (rs733785, одинаковые популяции).

Для PADI3 все отношения были меньше, чем 1.4.

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: перевод редактируется

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/46839/189007

Переводчики: platon_work