Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Results

Оглавление

Сбросить всё

←

→

Английский оригинал	Перевод на русский
Сожалеем, но текст оригинала доступен только зарегистрированным пользователям.	~~ platon_work 19.01.14 в 13:46 0
	Результаты platon_work 19.01.14 в 13:47 0
	~~ platon_work 19.01.14 в 13:46 0
	SNPs, полученные из локусов подверженности рассеянному склерозу. platon_work 19.01.14 в 15:26 0
	~ platon_work 19.01.14 в 15:26 0
	Вычислены отношения частот SNP между подверженными и менее подверженными популяциями. platon_work 19.01.14 в 19:43 0
	В многонациональной популяции, где гетерогенность, присвоенная группе менее восприимчивых популяций, максимальна, были найдены 474 SNPs в локусах, ассоциированных с теми генами, чьи известные полиморфизмы использовались в качестве генетических маркеров в исследованиях ассоциаций рассеянного склероза. platon_work 22.01.14 в 00:17 0
	Из них 234 (49.4%) имеют максимальное отношение (или обратный максимум отношения) большее, чем 2. platon_work 20.01.14 в 20:13 0
	Распределение показано на рисунке 2a. platon_work 22.01.14 в 00:21 0
	Если не учитывать данные по многонациональной популяции, то число снижается до 122 из 261 (46.7%). platon_work 22.01.14 в 00:25 0
	Для локусов, основанных на генетических маркерах, могут быть выбраны 121 из 319 SNPs (37.9%) (рисунок 2b), а когда игнорируются смешанные нации, то 80 из 211 (37.9%). platon_work 22.01.14 в 01:04 0
	~ platon_work 22.01.14 в 01:04 0
	Рисунок 2: Распределение отношений частот между европейской или американской и африканской или азиатской популяциями, полученное из генов (A) и генетических маркеров (B). platon_work 22.01.14 в 02:48 0
	На оси X находится максимум отношения или обратная величина отношения частот минорного аллеля для каких-либо двух популяций для данного SNP, на оси Y - относительное число случаев в пределах локуса поражаемости рассеянного склероза. platon_work 22.01.14 в 03:23 0
	Требованию, что отношение равно 2 или более, отвечает половина предполагаемых поражаемых или протективных аллелей. platon_work 22.01.14 в 03:44 0
	~ platon_work 22.01.14 в 03:41 0
	Общая длина референсной сборки от Ensembl 19-ой версии (сборка версии 34 от NCBI) равна 2841 Мбаз; были предсказаны 23531 генов Ensembl со средней дистанцией в 121 кбаз между генами. platon_work 22.01.14 в 14:05 0	+1
	Следовательно, исследованная область вокруг генетических маркеров более чем в 4 раза больше, чем вокруг полиморфных генов, хотя основанные на генетических маркерах регионы содержат только 2/3 SNPs, которые можно отобрать по генам предрасположенности. platon_work 22.01.14 в 21:18 0
	Это косвенно объясняет различие в эффекте отношения как критерия подбора. platon_work 22.01.14 в 22:12 0
	Чем больше популяций, изучаемых по одному маркеру, тем выше шанс найти субпопуляцию с отличающейся частотой. platon_work 22.01.14 в 22:45 0
	Эффект от подбора по отношению частот гораздо сильнее для основанных на генетических маркерах кандидатных SNPs, нежели для кандитатных SNPs, полученных из полиморфных генов (рисунки 2a и b). platon_work 22.01.14 в 23:42 0
	Напротив, в результате включения многонациональных субпопуляций, влияния на какое-либо распределение не наблюдалось. platon_work 22.01.14 в 23:55 0
	Для представленных здесь локусов подверженности рассеянному склерозу только один кандидатный SNP (rs758767) был выбран как на основании маркера, так и на основании выборки генов предрасположенности, как показано в таблицах 3 и 4. platon_work 23.01.14 в 00:11 0
	~ platon_work 23.01.14 в 00:13 0
	Таблица 3: platon_work 23.01.14 в 00:14 0
	SNPs с двухкратной разницей в частотах, полученные исходя из маркеров. platon_work 23.01.14 в 00:17 0
	~ platon_work 23.01.14 в 00:17 0
	Таблица 4: platon_work 23.01.14 в 00:18 0
	SNPs с двухкратной разницей в частотах, полученные исходя из генов. platon_work 23.01.14 в 00:19 0
	~ platon_work 23.01.14 в 00:20 0
	Гены из Ensembl с SNPs platon_work 23.01.14 в 00:20 0
	~ platon_work 23.01.14 в 00:20 0
	Всем 319 основанным на генетических маркерах SNPs был сопоставлен хотя бы один ген, 85 SNPs были сопоставлены 2 или более генов. platon_work 23.01.14 в 01:20 0
	Ни один SNP не был сопоставлен с более, чем 4 генами. platon_work 23.01.14 в 01:23 0
	Следует напомнить, что одиночный SNP может оказаться как левее одного гена, так и правее другого. platon_work 23.01.14 в 16:56 0	+1
	241 ген был связан с этими SNPs, давая отношение, равное 1.32 SNPs на ген. platon_work 23.01.14 в 17:20 0
	Наоборот, всего 146 генов позволяют выделить в качестве кандидатных 474 полученных из генов SNPs, для которых присвоение HUGO gene ID из Таблицы 1 было предварительным условием селекции. platon_work 23.01.14 в 23:23 0
	Однако, доступно гораздо больше хорошо описанных SNPs (3.25). На рисунке 3 показано распределение SNPs на ген, выделенных по ассоциации как с маркерами (3a), так и с генами (3b). platon_work 23.01.14 в 23:33 0
	~ platon_work 23.01.14 в 23:34 0
	Рисунок 3: Распределение SNPs на ген (для генов, выделенных по ассоциации с генетическими маркерами и с генами). platon_work 23.01.14 в 23:37 0
	Распределение в популяции гораздо лучше описано для SNPs, выделенных по ассоциациям с генами (A), чем для SNPs, выделенных по ассоциациям с генетическими маркерами. platon_work 23.01.14 в 23:42 0
	~ platon_work 23.01.14 в 23:42 0
	Проверка platon_work 23.01.14 в 23:42 0
	~ platon_work 23.01.14 в 23:42 0
	Чтобы поддержать метод выделения как кандидатных SNPs с различными частотами в различных популяциях, мы рассмотрели последнюю публикацию по ассоциации SNP с рассеянным склерозом. platon_work 27.01.14 в 02:50 0
	Для гена CD24 из 32 относящихся к нему SNP из базы dbSNP есть только один SNP (rs8734), выделяющийся отношением частот. platon_work 27.01.14 в 03:03 0
	К тому же, это - единственный SNP, изменяющий аминокислотную последовательность пептида. platon_work 27.01.14 в 03:14 0
	Это, действительно, тот самый случай, когда мажорный аллель азиатской популяции является минорным аллелем многонациональной популяции. platon_work 27.01.14 в 03:20 0
	Отношение частот увеличивается от 1.21 для частот минорных аллелей до 1.79 (Т) и 1.89 (С), когда сравниваются непосредственно частоты нуклеотидов. platon_work 27.01.14 в 03:30 0
	Нет доступных сведений о различиях для полов любого из 5-ти SNPs в CD24 с идентификаторами TSC, однако, CD24 локализован на Y хромосоме. platon_work 27.01.14 в 03:39 0

Следующая страница →