SNAP (SNP Annotation and Proxy Search): Documentation / Документация к SNAP (Аннотация SNP и "Ближний Поиск"): SNAP documentation

[ HapMap Release 21 (HapMap выпуск 21) ] [ HapMap 21-ой версии используют данные по SNP из HapMap II фазы и имеет разделённые на фазы генотипические данные для CEU, YRI и JPT+CHB панелей HapMap.

platon_work 26.10.14 в 00:20

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg17. ]

platon_work 26.10.14 в 01:09

[ HapMap Release 22 (HapMap выпуск 22) ] [ HapMap 22-ой версии используют данные по SNP из HapMap II фазы и имеет разделённые на фазы генотипические данные для CEU, YRI и JPT+CHB панелей HapMap.

platon_work 26.10.14 в 01:25

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18.

platon_work 26.10.14 в 01:27

~

platon_work 26.10.14 в 01:27

Предупреждение: HapMap 22-ой версии не включает никаких разделённых на фазы генотипических данных для chrX.

platon_work 26.10.14 в 01:32

Как результат, ближние SNPs не будут найдены для SNPs на chrX, когда используется этот набор данных. ]

platon_work 26.10.14 в 01:37

~

platon_work 26.10.14 в 01:37

[ HapMap 3 (release 2) ((HapMap 3 (выпуск 2)) ] [ HapMap 3 имеет разделённые на фазы генотипические данные для всех панелей HapMap, перечисленных ниже.

platon_work 26.10.14 в 02:31

HapMap 3 (выпуск 2) включают только SNPs, генотипированные в HapMap III фазы 2-го выпуска.

platon_work 26.10.14 в 17:34

Он не включает SNPs, генотипированные в HapMap I или II фаз.

platon_work 26.10.14 в 17:36

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18.

platon_work 26.10.14 в 18:01

Когда используется этот набор данных, используемые данные о скорости рекомбинации берутся из HapMap 22-го выпуска и, таким образом, они отсутствуют по некоторым SNPs 3-го HapMap.

platon_work 26.10.14 в 19:08

~

platon_work 26.10.14 в 19:18

Предупреждение: HapMap 3 (выпуск 2) не включает никаких разделённых на фазы генотипических данных для chrX.

platon_work 26.10.14 в 20:15

~

platon_work 26.10.14 в 20:15

Как результат, ближние SNPs не будут найдены для SNPs на chrX, когда используется этот набор данных. ]

platon_work 26.10.14 в 20:21

~

platon_work 26.10.14 в 20:23

[ 1000 Genomes Pilot 1 ] [ Этот набор данных использует <...> из <...> 1000 Genomes Project.

platon_work 26.10.14 в 23:14

Этот набор данных использует разделённые на фазы генотипы для 179 индивидуумов из таких HapMap-панелей как CEU, YRI и JPT+CHB.

platon_work 26.10.14 в 23:25

Дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18. ]

platon_work 26.10.14 в 23:33

~

platon_work 26.10.14 в 23:33

SNAP не вычисляет данные по LD для chrY, таким образом, поиск ближних SNP в Y хромосоме не выдаст каких-либо результатов.

platon_work 26.10.14 в 23:42

~

platon_work 26.10.14 в 23:45

Population Panel (???Популяционная Панель???)

platon_work 26.10.14 в 23:48

~

platon_work 26.10.14 в 23:49

Неравновесное сцепление между SNPs вычислено отдельно для каждой из следующих панелей в каждом наборе SNP:

platon_work 27.10.14 в 00:34

~

platon_work 27.10.14 в 00:34

~

platon_work 27.10.14 в 01:06

r2 Threshold (r2 Порог)

platon_work 27.10.14 в 01:05

~

platon_work 27.10.14 в 01:06

Устанавливает нижнюю границу неравновесного сцепления между запрашиваемым SNP и каждым соответствующим ближним SNP.

platon_work 27.10.14 в 01:27

Ближние SNPs с вычисленным r2 значением меньшим, чем данный порог, выдано не будет.

platon_work 27.10.14 в 01:46

~

platon_work 27.10.14 в 01:47

Настройка No limit будет выдавать записи данных для всех доступных ближних SNPs, ???найденных Haploview???.

platon_work 27.10.14 в 01:58

~

platon_work 27.10.14 в 02:06

Distance Limit (Лимит Дистанции)

platon_work 27.10.14 в 02:07

~

platon_work 27.10.14 в 02:07