Готовый перевод SNAP (SNP Annotation and Proxy Search): Documentation / Документация к SNAP (Аннотация SNP и "Ближний Поиск"): SNAP documentation

SNAP

Аннотация SNP и "Ближний Поиск" (SNP Annotation and Proxy Search)

Версия 2.2

Примечания переводчика:
1. В квадратных скобках -- содержимое ячеек таблиц из исходного текста.
2. Названия элементов интерфейса SNAP я дублирую в перевод. Не всегда их можно и нужно переводить.

~~

Поисковый сервис SNAP позволяет найти близлежащие SNPs, основываясь на неравновесном сцеплении генов, физической дистанции и принадлежности выбранным коммерческим чипам для генотипирования.

SNAP также может создавать графики, показывающие региональное неравновесное сцепление генов или региональную ассоциацию.

~~

SNAP: Источники Данных

~~

Данные по неравновесному сцеплению генов вычислены с помощью Haploview 4.0, основываясь на разделённых на фазы генотипических данных из международного проекта HapMap и проекта 1000 Genomes.

См. SNP Data Set (Набор SNP) для получения большей информации.

~

Координаты в геноме, данные по генетическому картированию и скоростям рекомбинации взяты из международного проекта HapMap или из проекта 1000 Genomes.

~

Информация о составе перечисленных коммерческих чипов получена из данных, опубликованных производителями чипов.

~

Аннотации SNPs и генов взяты из GeneCruiser.

Аннотации из GeneCruiser основаны на базе данных Ensembl.

Ensembl автоматически аннотирует и индексирует данные из нескольких источников, таких как Entrez, RefSeq, EMBL, Uniprot/SWISS-PROT, Affymetrix и Gene Ontology (GO).

~

Данные для генных треков на графиках SNAP'а взяты из RefSeq-трека UCSC Genome Browser'а.

~~

Proxy Search (Ближний Поиск)

~~

Функция ближнего поиска позволяет находить близлежащие SNPs, основываясь на различных критериях, включая неравновесное сцепление генов, физическую дистанцию и информацию, присутствует ли запрашиваемый и/или близлежащий SNP в выбранных коммерческих чипах для генотипирования.

~~

Proxy Search (Ближний Поиск): входные данные

~~

Функция ближнего поиска поддерживает следующие входные данные.

~

Input SNPs (Входные SNPs)

~

Выберите метод, который бы вы предпочли, чтобы выбрать запрашиваемые SNPs.

~

[ File (Файл) ] [ Позволяет залить файл, содержащий список названий SNP (rs-номера).

~

По умолчанию предполагается, что файл содержит список названий SNP, одно на строку.

Если файл форматирован в столбцах (разделённых пробелами), можете указать тот столбец, который содержит названия SNP, а также есть ли в файле строка-заголовок, которую можно игнорировать. ]

~

[ Text Input (Входной текст) ] [ Позволяет вам ввести названия SNPs или вставить их в текстбокс, одно название SNP на строку. ]

~

[ Genomic Locus (позиция в геноме) ] [ Позволяет вам выбрать запрашиваемые SNPs с помощью указания хромосомы и стартовых/конечных координат.

~

Если вы опустите стартовую и конечную координаты, то значением по умолчанию станет конец хромосомы.

Существует лимит в 1 Мпн на запросы по геномному локусу. ]

~

SNP Data Set (Набор SNP)

~

Данные по неравновесному сцеплению генов основаны на наборе SNP и выбранной панели.

~

[ HapMap Release 21 (HapMap выпуск 21) ] [ HapMap 21-ой версии используют данные по SNP из HapMap II фазы и имеет разделённые на фазы генотипические данные для CEU, YRI и JPT+CHB панелей HapMap.

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg17. ]

[ HapMap Release 22 (HapMap выпуск 22) ] [ HapMap 22-ой версии используют данные по SNP из HapMap II фазы и имеет разделённые на фазы генотипические данные для CEU, YRI и JPT+CHB панелей HapMap.

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18.

~

Предупреждение: HapMap 22-ой версии не включает никаких разделённых на фазы генотипических данных для chrX.

Как результат, ближние SNPs не будут найдены для SNPs на chrX, когда используется этот набор данных. ]

~

[ HapMap 3 (release 2) ((HapMap 3 (выпуск 2)) ] [ HapMap 3 имеет разделённые на фазы генотипические данные для всех панелей HapMap, перечисленных ниже.

HapMap 3 (выпуск 2) включают только SNPs, генотипированные в HapMap III фазы 2-го выпуска.

Он не включает SNPs, генотипированные в HapMap I или II фаз.

Когда используется этот набор данных, дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18.

Когда используется этот набор данных, используемые данные о скорости рекомбинации берутся из HapMap 22-го выпуска и, таким образом, они отсутствуют по некоторым SNPs 3-го HapMap.

~

Предупреждение: HapMap 3 (выпуск 2) не включает никаких разделённых на фазы генотипических данных для chrX.

~

Как результат, ближние SNPs не будут найдены для SNPs на chrX, когда используется этот набор данных. ]

~

[ 1000 Genomes Pilot 1 ] [ Этот набор данных использует <...> из <...> 1000 Genomes Project.

Этот набор данных использует разделённые на фазы генотипы для 179 индивидуумов из таких HapMap-панелей как CEU, YRI и JPT+CHB.

Дистанции между SNPs измеряются в координатах hg18. ]

~

SNAP не вычисляет данные по LD для chrY, таким образом, поиск ближних SNP в Y хромосоме не выдаст каких-либо результатов.

~

Population Panel (???Популяционная Панель???)

~

Неравновесное сцепление между SNPs вычислено отдельно для каждой из следующих панелей в каждом наборе SNP:

~

~

r2 Threshold (r2 Порог)

~

Устанавливает нижнюю границу неравновесного сцепления между запрашиваемым SNP и каждым соответствующим ближним SNP.

Ближние SNPs с вычисленным r2 значением меньшим, чем данный порог, выдано не будет.

~

Настройка No limit будет выдавать записи данных для всех доступных ближних SNPs, ???найденных Haploview???.

~

Distance Limit (Лимит Дистанции)

~

Внимание! Этот перевод, возможно, ещё не готов.
Его статус: идёт перевод

Переведено на Нотабеноиде
http://notabenoid.org/book/56103/247403

Переводчики: platon_work