Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Discussion

Оглавление

Сбросить всё

←

→

Английский оригинал	Перевод на русский
Сожалеем, но текст оригинала доступен только зарегистрированным пользователям.	~~ platon_work 03.02.14 в 02:14 0
	Обсуждения platon_work 03.02.14 в 02:14 0
	~~ platon_work 03.02.14 в 02:14 0
	Мы представляем концепцию и соответствующий вебсайт, позволяющие подобрать SNPs для анализа сцепленного с болезнью неравновесия с акцентом на те SNPs, которые имеют различные частоты в популяциях, и которые также различаются по распространённости соответствующего заболевания. platon_work 03.02.14 в 03:04 0
	Было изучено хромосомное окружение сцепленных с рассеянным склерозом геномных маркеров, а затем изучены ассоциированные с рассеянным склерозом гены-кандидаты на наличие в них SNPs. platon_work 03.02.14 в 03:30 0
	~ platon_work 03.02.14 в 03:32 0
	Результаты исследования в сравнении с ожиданиями. platon_work 03.02.14 в 03:35 0
	~ platon_work 03.02.14 в 03:32 0
	Локусы, основанные на генетических маркерах, занимают около 38 Mbp (380.5Mbp2) генома, гены прибавляют ещё 24 Mbp (990.12Mbp2), в сумме это составляет 2.2% от общей длины референсной сборки от Ensembl ("golden path"). platon_work 03.02.14 в 19:02 0
	База данных SNP от Ensembl содержит 4763257 SNPs, из которых у 22670 (0.47%) есть данные для двух субпопуляций, из которых формируется отношение для данного исследования. platon_work 03.02.14 в 19:23 0
	Из них были найдены только 793 SNPs (3.5%; 0.017% от общего количества), которые локализованы в локусах подверженности рассеянному склерозу. platon_work 03.02.14 в 19:27 0
	Следовательно, из-за требования, чтобы каждый SNP сопровождался данными о частоте хотя бы для двух популяций, были изучены отношения частот только каждого 132-ого SNP. platon_work 03.02.14 в 22:58 0
	При среднем количестве SNPs на ген, равном 202, находится более 1.5 таких SNPs на ген, сопровождаемых данными о частоте для двух популяций. platon_work 03.02.14 в 23:54 0
	Однако, сильная смещённость в выборке тех SNPs, которые ассоциированы с хорошо изученными генами, ожидаема, и косвенно обосновывается неоднородным распределением по локусам, полученным с помощью исследований ассоциаций геномных маркеров, и тех SNPs, которые ассоциированы с генами так, как описано в разделе "Результаты". platon_work 04.02.14 в 00:36 0
	Однако, с возрастающим числом охарактеризованных SNPs, метод будет всё более мощным. platon_work 04.02.14 в 00:48 0
	~ platon_work 04.02.14 в 00:48 0
	Плотность генов, содержащих SNPs, выделенные по ассоциациям с генетическими маркерами (~ 9 генов на Mbp) немного выше, чем средняя плотность генов (8.28 генов/Mbp), а для SNPs, выделенных по ассоциациям с генами, плотность генов даже ниже -- 6 (146/24) генов на Mbp. platon_work 04.02.14 в 01:23 0
	Это может свидетельствовать о сильном смещении в выборке особых генов, из-за которой остаются неохарактеризованными в среднем 2 гена на Mbp (25% от средней плотности генов). platon_work 04.02.14 в 01:46 0
	~ platon_work 04.02.14 в 01:49 0
	Достоверность и полнота публичных данных по SNP. platon_work 04.02.14 в 02:03 0
	~ platon_work 04.02.14 в 01:49 0
	Различные компании увеличили достоверность информации об SNPs в развиваемых ими публичных базах данных. platon_work 04.02.14 в 02:19 0
	Утверждается, что при уровне достоверности вхождений 50%-60% по dbSNP полиморфизм выявлен. platon_work 04.02.14 в 02:35 0
	Однако, как было обнаружено, SNPs, которые по-разному распределены по человеческим субпопуляциям, были особенно хорошо выверены. platon_work 04.02.14 в 02:45 0
	~ platon_work 04.02.14 в 02:45 0
	Jiang et al., 2003, также указывает на полноту публичных данных об SNPs. platon_work 04.02.14 в 02:47 0
	Было обнаружено, что, в случае часто встречающихся аллелей (частота минорного аллеля -- более 20%), более половины из таковых обнаруживаются в базах данных, хотя и не обязательно охарактеризованы для нескольких популяций. platon_work 04.02.14 в 03:00 0
	Для редких аллелей может быть найдено лишь менее 20%. platon_work 04.02.14 в 03:07 0
	~ platon_work 04.02.14 в 03:08 0
	Ограниченность числа индивидов, доступных для исследования ассоциаций с болезнью, заставляет выбирать те SNPs, которые, как кажется, часто как минимум в одной субпопуляции. platon_work 04.02.14 в 03:23 0
	~ platon_work 04.02.14 в 03:25 0
	Информация, отсутствующая в dbSNP. platon_work 04.02.14 в 03:26 0
	~ platon_work 04.02.14 в 03:25 0
	Подход не учитывает эпистатические взаимодействия. platon_work 04.02.14 в 03:38 0
	Такое ассоциированное с болезнью сцепление между SNPs может быть исследовано только после SNP-анализа фенотипов пациентов. platon_work 04.02.14 в 03:53 0
	HGVbase развивается в этом направлении, и Ensembl недавно разместил ссылки на проект HapMap. platon_work 04.02.14 в 18:57 0
	Ссылки на структуру SNPs представляют второстепенный интерес с тех пор как могут быть получены данные по сцеплению соседних SNPs. platon_work 04.02.14 в 19:54 0
	Исследованные SNP могут не приводить к функциональным эффектам, но их особое распределение между группой пациентов и контрольной группой может указывать на особо важные локусы. platon_work 04.02.14 в 21:10 0
	~ platon_work 04.02.14 в 21:11 0
	Для аутоиммунных заболеваний вроде рассеянного склероза, подверженность которым зависит от пола, информация о частоте особенных SNP у обоих полов может представлять большой интерес. platon_work 04.02.14 в 21:35 0
	Информация была найдена в базе данных от The SNP Consortium, и был создан локальный веб-сервис (tscselect.php) для ручной [проверки??]. platon_work 04.02.14 в 21:49 0
	~ platon_work 04.02.14 в 21:50 0
	Peng You и др. создали качественный веб-портал с хорошо описанными SNPs (http://www.snps3d.org). В нём сочетается структурный анализ с ассоциациями болезней и данными о метаболических путях. platon_work 04.02.14 в 22:11 0
	Представленная здесь программа SNPselect дополняет такую функциональность возможностью подбора SNPs. platon_work 04.02.14 в 22:34 0
	~ platon_work 04.02.14 в 22:34 0
	Применение. platon_work 04.02.14 в 22:34 0
	~ platon_work 04.02.14 в 22:34 0
	Подгруппа SNPs, подобранных с помощью этого подхода, на данный момент является объектом исследования в группе пациентов европеоидной расы с рассеянным склерозом с севера Германии. platon_work 05.02.14 в 03:07 0
	Локусы будут в дальнейшем уточнены по данным генной экспрессии пациентов с рассеянным склерозом и с помощью модели мышей EAE. platon_work 05.02.14 в 03:39 0
	В дальнейшем, нам необходимо, чтобы SNPs находились в синтенных регионах мышей и крыс, которые рассматривались, как локусы чувствительности для моделей рассеянного склероза на этих животных. platon_work 05.02.14 в 04:10 0	+1

Следующая страница →