Selecting SNPs for association studies based on population frequencies: A novel interactive tool and its application to polygenic diseases / Подбор SNPs для исследований их ассоциаций на основе популяционных частот: новый интерактивный инструмент и его применение в изучении полигенных заболеваний: Results

~

platon_work 27.01.14 в 19:40

Рисунок 4: выходные данные программы SNPselect.

platon_work 27.01.14 в 19:51

В столбце "ratio" отображается отношение частот минорных аллелей многонациональной и восточно-азиатской популяций.

platon_work 27.01.14 в 20:06

В столбце "corrected ratio" принято во внимание то, что минорный аллель в азиатской популяции является мажорным аллелем в мультинациональной.

platon_work 27.01.14 в 20:51

~

platon_work 27.01.14 в 20:52

Ген пептидиларгининдеиминазы 4-го типа (PADI4) рассмотрен в контексте и ревматоидного артрита (RA), и рассеянного склероза.

platon_work 27.01.14 в 20:55

У пациентов, страдающих ревматоидным артритом имеются антитела к белкам PAD, но неизвестно, какой из типов гена PADI (от I до IV) ассоциирован с болезнью.

platon_work 27.01.14 в 23:31

Более глубокое понимание было достигнуто в результате анализа неравновесия по сцеплению для исследования типа случай-контроль.

platon_work 27.01.14 в 23:56

Максимальное неравновесие по сцеплению было определено на третьем экзоне PADI4.

platon_work 28.01.14 в 00:08

Поиск SNPs с помощью программы определения частот SNPselect для североамериканской или европейской или ещё нескольких популяций для генов PADI 1-4 выдал 6 SNPs, ни один из которых не являлся SNP из PADI1.

platon_work 28.01.14 в 00:33

Для SNP rs1635565 были в самом деле достигнуты максимальные отношения: 3.04 между североамериканской и восточноазиатской популяциями (для другой азиатской популяции было достигнуто отношение, равное 2).

platon_work 28.01.14 в 01:06

У PADI2 обнаружили SNP с отношением, равным 2 (rs733785, одинаковые популяции).

platon_work 28.01.14 в 01:24

Для PADI3 все отношения были меньше, чем 1.4.

platon_work 28.01.14 в 01:27