Steve Jones THE LANGUAGE OF THE GENES / Стив Джонс ЯЗЫК ГЕНОВ: Chapter Three. HERODOTUS REVISED

Когда ген что-то делает, он вырабатывает комплементарные молекулы - известные как мессенджеры - которые передают информацию от ДНК к основным частям клетки.

cosinus 07.08.13 в 11:21

Из-за того, что она ничего не производит, большая часть ДНК не генерирует мессенджеров вообще.

cosinus 07.08.13 в 11:24

Поэтому поиск таких молекул - отличный способ найти работающие гены.

cosinus 07.08.13 в 11:26

Есть десятки тысяч различных мессенджеров.

cosinus 07.08.13 в 11:27

Что делает большинство из них - совершенно неизвестно.

cosinus 07.08.13 в 11:27

Почти во всех клетках большинство их выключено, но в мозге большая часть работает в любое время.

cosinus 07.08.13 в 11:31

Мозг более активен, чем любая другая ткань (что может помочь объяснить, почему более четверти всех наследственных болезней приводят к психическим расстройствам).

cosinus 07.08.13 в 11:32

Поиски генов больше похожи на поиски Тимбукту, чем Эльдорадо.

cosinus 07.08.13 в 11:33

Картографы вскоре обнаружили, что гены являются оазисами смысла в пустыне бессмыслицы.

cosinus 07.08.13 в 11:35

В одно время казалось, что едва ли стоит просеивать песок между генетическими городами, но, в конце концов, полная карта была сделана в основном по тем соображениям, что она была важна, в то время как никто не знал, что там могло оказаться.

cosinus 07.08.13 в 11:43

Это подтвердило один из самых неправильно понимаемых фактов в науке, что можно решить большинство проблем, выбрасывая на них деньги.

cosinus 07.08.13 в 11:45

Штурм физической карты лучше по сравнению с геодезическими измерениями страны шестидюймовой линейкой, начиная с одного конца и двигаясь к противоположной границе.

cosinus 07.08.13 в 11:50

Двадцать и более лет назад, когда работа начиналась, один человек мог двигаться со скоростью около пяти тысяч оснований ДНК в год.

cosinus 07.08.13 в 11:53

Теперь обычной практикой является делать в тысячи раз больше.

cosinus 07.08.13 в 11:55

Большая часть интеллектуальных усилий в этой работе сместилась от простого накопления информации к ее пониманию.

cosinus 07.08.13 в 11:56

Волшебство компьютера сыграло такую ​​же важную роль в генной карте, как и биохимическое оборудование.

cosinus 07.08.13 в 11:58

После того, как участок ДНК секвенирован, местные карты - планы городов - нужно разместить в правильном порядке.

cosinus 07.08.13 в 12:01

Один из способов построить большую карту - это сделать ряд перекрывающихся последовательностей коротких отрезков ДНК.

cosinus 07.08.13 в 12:02

Этот почти все равно что собрать страницы, вырванные из уличного путеводителя, глядя на взаимные наложения на краях каждой страницы, в попытке найти улицы, которые выходят друг на друга.

cosinus 07.08.13 в 12:09

Сложные программы ищут перекрывающиеся сегменты, длинные или короткие, и собирают разрозненные фрагменты ДНК.

cosinus 07.08.13 в 12:11

Это гораздо сложнее, чем кажется.

cosinus 07.08.13 в 12:11

Алфавит из всего лишь четырех букв и - как на карте американского города - множество повторов одной и той же схемы улиц дает много возможностей для путаницы.

cosinus 07.08.13 в 12:16

Есть несколько коротких путей.

cosinus 07.08.13 в 12:17

Одной из уловок, полезной в былые годы, было перескочить через несколько страниц в путеводителе в надежде пропустить особенно утомительные части прилегающей территории, но для завершения работы нужно нанести на карту даже самые скучные части города.

cosinus 07.08.13 в 12:20

Новые и мощные компьютеры сделали возможным, по крайней мере в принципе, создать целый генетический атлас сразу, а не собирая кусочками, страница за страницей.

cosinus 07.08.13 в 12:23

Метод "дробовика", стреляющего наугад, оправдывает свое название.

cosinus 07.08.13 в 12:25

Он разрывает копии генома на тысячи сегментов, снова и снова, и воссоздает все с нуля, как таксидермист восстанавливает единственного фазана, случайно разнесенного в пух и прах слепым человеком с дробовиком двенадцатого калибра.

cosinus 08.08.13 в 18:24

Гигантская компьютерная программа собирает все раздробленные осколки, пока, наконец, они не становятся похожи на карту (или пернатую дичь).

cosinus 08.08.13 в 18:26

Такой подход хорошо зарекомендовал себя с дрозофилой, геном которой был секвенирован перед нашим собственным, но у мухи в десять раз меньше букв ДНК и гораздо меньше повторов коротких последовательностей, чем у нас.

cosinus 08.08.13 в 18:38

Менее дерзкий метод, "клон за клоном", берет крошечные фрагменты (каждый длиной в одну двадцатитысячную всей человеческой ДНК) и секвенирует их один за другим.

cosinus 08.08.13 в 19:17

Затем он вновь собирает короткие сегменты генов и, со временем, восстанавливает весь атлас.

cosinus 08.08.13 в 19:20

Этот метод, хоть, возможно, и медленный, хорошо зарекомендовал себя с человеком и был использован картографами, финансируемыми за счет бюджета, публиковавшими каждый клон, когда он появлялся, и помогшими сорвать негосударственный план (и патент) секвенирования всей нашей ДНК одним махом.

cosinus 08.08.13 в 19:32

Физическая карта вовсе не выглядит как карта сцепления, которая была выявлена в результате исследования семей.

cosinus 09.08.13 в 17:58

Основная трудность заключается в размере.

cosinus 09.08.13 в 18:00

Несколько десятков тысяч функциональных генов вмещается в трех миллиардах букв ДНК.

cosinus 09.08.13 в 18:01

Поскольку большинство генов использует информацию, закодированную всего лишь в нескольких тысячах оснований, кажется, ДНК гораздо больше, чем необходимо.

cosinus 09.08.13 в 18:04

Картирование показывает, что только одна двадцатая часть представляет собой части гена.

cosinus 09.08.13 в 18:06

Наш геном устроен необычно и совершенно неожиданно.

cosinus 09.08.13 в 18:09

Могут помочь географические аналогии.

cosinus 09.08.13 в 18:09

Представьте себе путешествие по всей вашей ДНК как поездку из Лендс-Энда в Джон-о'Гротс через Лондон, в целом около тысячи миль.

cosinus 09.08.13 в 18:25

Чтобы представить все буквы ДНК в дорожной карте в этом масштабе, должно быть пятьдесят оснований ДНК на дюйм или около трех миллионов на милю.

cosinus 09.08.13 в 18:28

Путешествие проходит через двадцать три графства различных размеров.

cosinus 09.08.13 в 18:32

Довольно удобно, что этих административных единиц столько же, как хромосом, в которые упакована человеческая ДНК, двадцать три.

cosinus 09.08.13 в 18:35

За исключением некоторых коротких участков длиной в несколько сотен метров, которые, по различным техническим причинам, оказались неподатливыми, огромное множество было нанесено на карту с точностью до одной части на пятьдесят тысяч - дюйм на миле (что так же хорошо, или лучше, чем карты, продаваемые Картографическим управлением).

cosinus 09.08.13 в 18:42

Пейзажи в большей части поездки утомительны.

cosinus 09.08.13 в 18:43

Как и большая часть современной Великобритании, они кажутся неплодородными.

cosinus 09.08.13 в 18:46

Примерно треть всего расстояния покрыта повторами одних и тех же сообщений.

cosinus 09.08.13 в 18:47

Примерно пятьдесят миль содержат слова из пяти, шести или более букв, повторяющиеся друг за другом.

cosinus 09.08.13 в 18:50

Многие из них - палиндромы.

cosinus 09.08.13 в 18:52

Они читаются задом наперед, как некролог Фердинанда де Лессепса - "A man, a plan, a canal: Panama!" ("Человек, план, канал: Панама!")

cosinus 09.08.13 в 18:55