Richard Dawkins The Oxford Book of Modern Science Writing / Ричард Докинз Оксфордская книга публикаций современной науки: Sydney Brenner ‘THEORETICAL BIOLOGY IN THE THIRD MILLENNIUM’ / Сидней Бреннер ‘ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ В ТРЕТЬЕМ ТЫСЯЧЕЛЕТИИ’

Какова вероятность того, что мы могли реально вычислить простой организм исходя из его последовательности ДНК? Мы можем получить линейные полипептидные цепи достоверно из последовательностей генов.

Irina73 20.05.13 в 08:28

Однако, проблема свертывания не решена и очень трудная.

Irina73 20.05.13 в 08:29

Действительно, может быть столько же различных проблем сворачивания, сколько существует белков.

Irina73 20.05.13 в 08:30

Однако, мы можем обратиться к хорошим эвристическим решениям в том смысле, что белки состоят из меньших подстструктур, называемых доменами, а записи их последовательности могут быть использованы, чтобы вычислить 3D структуры по аналогии с другими белками, где эти структуры были определены.

Irina73 20.05.13 в 08:33

Тогда предстанет гораздо более сложная задача вычисления взаимодействия этих белков с другими белками и с их химической средой.

Irina73 20.05.13 в 08:34

Это может быть невозможно, но снова, мы сможем узнать достаточно о связанных белках, чтобы установить это.

Irina73 20.05.13 в 08:35

Очень подробные свойства белков, их конкретные константы связывания, а для ферментов, темпы, с которыми они преобразовывают основания, могут снова быть вне вычислительной досягаемости последовательности гена, так как там может быть много эквивалентных решений той же проблемы.

Irina73 20.05.13 в 08:51

Построение теоретических моделей клеток базировались бы не на генах, а на их белковых продуктах и на молекулах, произведенных этими белками.

Irina73 20.05.13 в 08:52

Мы не должны ждать решения всех сложных проблемы структуры и функции белков, мы можем продолжить двигаться, измеряя нужные свойства.

Irina73 20.05.13 в 08:55

На уровне организма мы начали бы с клеток и, снова, измерение могло бы дать нам то, в чем мы нуждаемся.

Irina73 20.05.13 в 08:56

Читатель может пожаловаться, что я сказал, не что иное как о ‘переносе с обычной биохимии и физиологии’.

Irina73 20.05.13 в 09:01

По сути я сказал именно это, но я хочу новую информацию, включенную в биохимию и физиологию в теоретической структуре, где свойства на одном уровне могут быть произведены вычислением из нижнего уровня.

Irina73 20.05.13 в 09:05

Возможно будет намного легче сравнить два генома.

Irina73 20.05.13 в 10:46

Последовательности ДНК любых двух геномов человека отличаются друг от друга в одном или двух из каждых 1000 оснований.

Irina73 20.05.13 в 10:47

Если сравнить геном шимпанзе с человеческим геном количество различий возрастает до примерно десять на 1000 оснований.

Irina73 20.05.13 в 10:48

Многие из этих различий не имеют значительного эффекта, поскольку они происходят в регионах или в местах, где они могли бы быть оценены как строго нейтральные.

Irina73 20.05.13 в 10:50

Было бы интересно спросить, можно ли обнаружить различия, которые учитываются, и можем ли мы реконструировать нашего общего предка и таким образом выяснить, что произошло во время мутации ходе эволюции, сделавшее нас разными.

Irina73 20.05.13 в 10:51

Я считаю, что это то, что мы должны пытаться сделать в следующем столетии.

Irina73 18.05.13 в 15:15

Это потребует развития теоретической биологии.

Irina73 18.05.13 в 15:16